Zgromadzenie Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia zawitało do Płocka w latach 90. XIX wieku. Jego początki w tym mieście mają związek z osobami ks. Antoniego Juliana Nowowiejskiego i Jakobiny Łabanowskiej. Jakobina Łabanowska przybyła do Płocka z polecenia ojca Honorata Koźmińskiego. Ten wielki propagator odbudowy życia zakonnego, zniszczonego po powstaniu styczniowym, polecił jej duchową opiekę nad służącymi. Po wstępnym rozeznaniu środowiska płockiego, Jakobina Łabanowska doszła do wniosku, że bardziej pożyteczną będzie pomoc niesiona kobietom potrzebującym wsparcia moralnego i materialnego. Następnie całą swoją energię skierowała na rozwiązanie tego problemu, który wydał jej się bardziej istotnym. Miała w tym poparcie ks. Juliana Nowowiejskiego, który w 1891 r. zorganizował życie zakonne sióstr płockich skupionych wokół Jakobiny Łabanowskiej. Założył on Zakład Anioła Stróża dla dziewcząt potrzebujących moralnego i materialnego wsparcia. Do prowadzenia tego dzieła powołał Instytut Bożej Miłości, którego statut został zatwierdzony przez ówczesnego płockiego biskupa Michała Nowodworskiego. 

Zakład Anioła Stróża utrzymywał się z pracy sióstr oraz ich podopiecznych. Początkowo Instytut Bożej Miłości mieścił się w domu Kessla, w sąsiedztwie Seminarium Duchownego, a Zakład Anioła Stróża przy ulicy Dobrzyckiej. W 1893 r. obie instytucje zostały przeniesione do budynku zakupionego od Zofii Westphal, przy Starym Rynku. Dzięki ofiarności mieszkańców Płocka przeprowadzono jego gruntowną modernizację, przystosowując obiekt na potrzeby zgromadzenia. Z czasem baza lokalowa uległa rozbudowie. W 1894 r. do jednego z budynków dobudowano w podwórzu oficynę, w której mieściła się piekarnia i cele sióstr. W 1899 r. Instytut Bożej Miłości z Zakładem Anioła Stróża zostały włączone do Zgromadzenia Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia, które miało już doświadczenie i wypracowane metody w trudnej pracy wychowawczej. Pierwszą przełożoną domu została matka Kolumba Łabanowska, która sprawowała tę godność w latach 1899-1906. Do końca pierwszej wojny światowej zgromadzeniu przewodziły matki: Józefa Gruszczyńska, Franciszka Broel-Plater i Małgorzata Gimbutt. 

W 1928 r. siostry zakupiły 45 hektarów ziemi oraz zabudowania w Białej – wsi położonej ok. 10 km od Płocka. Folwark ten stanowił zaplecze gospodarcze dla klasztoru i wychowanek Zakładu w Płocku. W 1929 r., powstała w Białej filia konwentu płockiego.

Jako datę rozpoczęcia działalności apostolskiej Zgromadzenia w Płocku przyjmuje się dzień 13 kwietnia 1899 r. Od tego momentu nastąpił szybki rozwój Zakładu Anioła Stróża, w którym początkowo znalazło schronienie 50 dziewcząt. Gdy powstała filia domu w Białej, liczba ta zwiększyła się do ponad 100 wychowanek. 

W Zakładzie Anioła Stróża siostry sprawowały opiekę nad kobietami i dziewczynami potrzebującymi moralnej odnowy. W zakładzie przebywały również sieroty i dziewczęta z ubogich rodzin. Siostry zapewniały im zakwaterowanie, wyżywienie i opiekę duchową. W Zakładzie panowała atmosfera rodzinnej wspólnoty, której codzienny rytm wyznaczała praca i modlitwa. Podopieczne miały tu możliwość nauki zawodu, praktykując w pracowniach zakładu, takich jak: prasowalnia, pralnia, pracownia haftu, szwalnia (bielizny i kołder), kuchnia itp. Umiejętności nabyte w zakładzie ułatwiały im start w dorosłe życie. Dziewczęta zdobywały również wykształcenie, uczęszczając do szkoły prowadzonej przez siostry. Trudno dziś oszacować liczbę dziewcząt, które skorzystały z pomocy sióstr Zgromadzenia Matki Bożej Miłosierdzia w Płocku. Dla orientacji warto podać, że w latach 30. XX wieku w Zakładzie mogło przebywać ich jednorazowo około stu.

W klasztorze mieszkało wówczas średnio ponad 30 sióstr. Każda z nich miała przydzielony zakres obowiązków. Na czele wspólnoty stała matka przełożona. W okresie międzywojennym przełożeństwo sprawowały następujące matki: Stanisława Stępczyńska, Serafina Kukulska, Rafaella Buczyńska, Róża Kłobukowska i powtórnie Rafaella Buczyńska. Siostry nie były związane z jednym domem Zgromadzenia. Co kilka lat były przenoszone do innych domów zakonu, położonych w różnych częściach Rzeczypospolitej.

W historię Zakładu Anioła Stróża wpisują się odwiedziny wizytatora apostolskiego (1918 r.) ks. Achillesa Rattiego – późniejszego papieża Piusa XI.

W roku 1930 do Płocka przyjechała Siostra Faustyna Kowalska, która przebywała w nim dwa i pół roku, wyjeżdżając także czasami do domu filialnego w Białej. W 1939 r. w kaplicy sióstr umieszczony został obraz Jezusa Miłosiernego, który w okrutnych czasach okupacji budził nadzieję i wolę przetrwania u ludzi udręczonych bestialstwem hitlerowców. W cieniu miłosiernych promieni Jezusa schroniło się około 150 dziewcząt uratowanych przed wywózką na roboty do Niemiec. Tu znalazły schronienie i ocalenie osoby zagrożone aresztowaniem.

Dom przy Starym Rynku, wybrany na kolebkę orędzia Miłosierdzia Bożego, dawał o nim czytelne świadectwo miłosiernym czynem w czasach, w których miłość zdawała się całkowicie pokonana przez nienawiść. Stąd przesyłano żywność dla zakładników uwięzionych w przylegającym do Zakładu Anioła Stróża Gimnazjum im. Stanisława Małachowskiego i paczki dla osób przebywających w obozach nazistowskich.

Po zakończeniu II wojny światowej siostry kontynuowały swą działalność wychowawczą. Kres temu dziełu miłosierdzia położyły dopiero władze komunistyczne. 22 czerwca 1950 r., na podstawie decyzji Prezydium Wojewódzkiej Rady Narodowej w Warszawie, dom zakonny i Zakład Anioła Stróża w Płocku przestały istnieć. Nieruchomości zostały upaństwowione, a siostry otrzymały natychmiastowy nakaz ich opuszczenia. Trafiły do Białej. Jednak na skutek trudnej sytuacji materialnej nie udało się utrzymać wspólnoty w jednym miejscu, gdyż majątek ziemski w Białej również uległ konfiskacie. Zabudowania klasztorne przy Starym Rynku zajął Ośrodek Szkolno-Wychowawczy. Nikt już nie dbał o należyty stan i konserwację budynków. 

Dopiero po 40 latach, w czerwcu 1990 r., Siostry Matki Bożej Miłosierdzia powróciły na swą dawną posesję w Płocku. Dom przy Starym Rynku był całkowicie zdewastowany i nie nadawał się do zamieszkania. Z zadbanych niegdyś kamienic, ogrodów i zabudowań w podwórzu pozostało jedynie wspomnienie utrwalone na starych fotografiach. Siostry, które powróciły do Płocka nie zastały już na posesji oficyny, w której mieszkała siostra Faustyna Kowalska. Została ona rozebrana w bliżej nieokreślonych latach. 

Lata 90. XX wieku to czas remontów i odbudowy zniszczonego mienia. Zadanie to przypadło w udziale pierwszym przybyłym siostrom na czele z ówczesną Przełożoną domu s. Gonzagą Walczak. Równolegle z rozwojem prac budowlanych i remontowych następował dynamiczny rozwój kultu Bożego Miłosierdzia, a siostry – obok prac inwestycyjnych zaczęły prowadzić działalność apostolską.  

30 września 1990 r. nastąpiło poświęcenie kaplicy sióstr Matki Bożej Miłosierdzia przy Starym Rynku przez ks. Proboszcza Fary Ryszarda Dybińskiego i uroczyste rozpoczęcie działalności Zgromadzenia w Płocku. Warto przytoczyć tu kilka słów, w których ówczesna Matka Generalna Zgromadzenia Paulina Słomka, zaprasza siostry do uczestnictwa we wspomnianym poświęceniu: 

Bardzo serdecznie zapraszam całe Zgromadzenie w duchu pielgrzymkowym do miejsca pierwszego objawienia się Pana Jezusa Miłosiernego Służebnicy Bożej Siostrze Faustynie Kowalskiej. Pragnę, aby Siostry zobaczyły to miejsce i ten dom, w którym Miłosierdzie Boże skłoniło się ku ziemi i wylało na ludzkość, na nas i świat cały (…). Mam nadzieję, że zetknięcie się z „Ziemią Świętą” pomoże nam przejąć się misją Sługi Bożej S. Faustyny, misją miłosierdzia (…). Ilekroć oglądam i dotykam się ruin domu płockiego, tylekroć doświadczam uczucia czci dla Miłosierdzia Bożego 
(fragment Listu Matki Generalnej s. Pauliny Słomki do Zgromadzenia z 1990 r.)

Na terenie dawnego Zakładu Anioła Stróża otworzyły Ognisko Opiekuńczo-Wychowawcze dla Dzieci z ubogich rodzin Płockiej Starówki (1992-2000). Następnie, w latach 2000-2006, funkcjonował tu Ośrodek Młodzieżowy dla Dziewcząt im. Anioła Stróża. Celem jego działalności była pomoc wychowawcza dla dziewcząt i kobiet, które samodzielnie zgłaszały się do placówki, pragnąc dokończyć przerwaną naukę i zdobyć zawód. Ośrodek zakończył swą działalność w czerwcu 2006 r. Następnie, tj. od września 2006, siostry podjęły się prowadzenia, przez 3 lata, Świetlicy Środowiskowej dla dziewcząt i chłopców. W latach 2006 – 2015 działało tu Stowarzyszenie Apostołów Bożego Miłosierdzia Faustinum, którego celem była formacja osób pragnących głębiej poznać duchowość św. Siostry Faustyny i żyć nią na co dzień.  W 2009 r. w klasztorze ulokowano Okno życia. W dawnej piekarni zostało utworzone Muzeum im. Św. Siostry Faustyny. 

Zarówno Świetlica jak i Muzeum zostały zamknięte w 2009 r. z racji rozpoczęcia prac związanych z rozbudową sanktuarium. Część eksponatów muzealnych przeniesiono do Muzeum  Diecezjalnego, gdzie utworzona została wystawa poświęcona św. Siostrze Faustynie. 

Pomimo zmieniających się okoliczności, siostry nadal utrzymują kontakt z młodzieżą, przyjmują pielgrzymów nawiedzających Sanktuarium Bożego Miłosierdzia oraz różne grupy duszpasterskie. Wszelka działalność Zgromadzenia Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia w Płocku ukierunkowana jest na szerzenie kultu Bożego Miłosierdzia przez wypraszanie go dla całego świata oraz przez praktykę codziennego życia.  

15 maja 2015 r. – po ukończeniu wszelkich potrzebnych prac przygotowawczych, siostry rozpoczęły rozbudowę Sanktuarium Bożego Miłosierdzia w miejscu pierwszego objawienia Jezusa Miłosiernego.