Miejsce, gdzie obecnie znajduje się Sanktuarium Bożego Miłosierdzia w Płocku, jest miejscem pierwszego objawienia Jezusa Miłosiernego św. Siostrze Faustynie Kowalskiej, która tutaj w klasztorze Zgromadzenia Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia, otrzymała od Jezusa polecenie namalowania obrazu z podpisem Jezu ufam Tobie. Wydarzenie to miało miejsce 22 lutego 1931 roku.

Siostry Matki Bożej Miłosierdzia przybyły do Płocka pod koniec XIX wieku. W latach 1899 – 1950 prowadziły pracę wychowawczą i edukacyjną w Zakładzie Anioła Stróża dla dziewcząt i kobiet potrzebujących głębokiej odnowy moralnej. Zakład mieścił się przy Starym Rynku. W 1950 roku Zakład Anioła Stróża i Dom zakonny, zostały upaństwowione. Powrót Zgromadzenia do Płocka nastąpił po 40 latach jego przymusowej nieobecności. W 1990 roku nastąpiło poświęcenie kaplicy sióstr i powrót do działalności.

Od 22 października 1990 r. rozpoczęły się comiesięczne uroczyste Msze św. ku czci Miłosierdzia Bożego. Już w kilka miesięcy po powrocie sióstr zaczęli przybywać pierwsi pielgrzymi. Najważniejszym jednak pielgrzymem, który zawitał do Płocka w 1991 r. był, papież Jan Paweł II. Chociaż nie przybył na samo miejsce objawień, jednak wspomniał o wydarzeniach w klasztorze przy Starym Rynku, które wpisały to miasto, jak się wyraził, do świetlistego szlaku Siostry Faustyny. Ojciec święty pobłogosławił obraz Pana Jezusa Miłosiernego, namalowany przez malarkę z Torunia, Elżbietę Hoffmann – Plewę, który 7 czerwca 1992 r. rozpoczął peregrynację po diecezji Płockiej.  

22 października 1991 r. ks. bp Roman Marcinkowski przewodniczył Mszy świętej i poświęcił figurę Jezusa Miłosiernego, ufundowaną przez pana Krajewskiego. Odtąd stała ona na placu objawień w miejscu oficyny, w której znajdowała się cela św. Siostry Faustyny. 

23 sierpnia 1993 r. ks. Mieczysław Ochtyra otrzymał nominację na kapelana sióstr i duszpasterza Bożego Miłosierdzia. 8 grudnia 1996 r., w Uroczystość Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny, ks. bp Zygmunt Kamiński odprawił Mszę świętą, rozpoczynającą całodzienną Adorację Najświętszego Sakramentu w kaplicy przy Starym Rynku. 

16 listopada 1999 r. Płocki bp Stanisław Wielgus, na prośbę sióstr, nadał kaplicy tytuł: Bożego Miłosierdzia. Już od 2 lutego 1999 r. rozpoczął się w niej 6-godzinny dyżur w konfesjonale. 

30 kwietnia 2000 roku, w Niedzielę Bożego Miłosierdzia, zakończona została peregrynacja obrazu. Od tego momentu obraz został umieszczony na stałe w kaplicy sióstr. W tym samym dniu, Ojciec Święty Jan Paweł II, kanonizował bł. Siostrę Faustynę Kowalską i ogłosił Święto Miłosierdzia dla całego Kościoła.

Warto przypomnieć, że żądanie Pana Jezusa, aby było takie święto, zostało wyrażone również w Płocku słowami: Ja pragnę, aby było Miłosierdzia święto. Chcę, aby ten obraz, który wymalujesz pędzlem, był uroczyście poświęcony w pierwszą niedzielę po Wielkanocy, ta niedziela ma być świętem Miłosierdzia (Dz. 49).

Odwołując się do dynamicznego rozwoju kultu Bożego Miłosierdzia w miejscu pierwszego objawienia Jezusa Miłosiernego i czci św. Siostry Faustyny, ks. bp Stanisław Wielgus, mocą dekretu erygującego, wydanego 30 kwietnia 2000 roku, ustanowił kaplicę Bożego Miłosierdzia w Płocku, przy Starym Rynku 14/18, Diecezjalnym Sanktuarium Bożego Miłosierdzia. Jego pierwszym Rektorem mianował kapelana sióstr, ks. mgr Mieczysława Ochtyrę, który pełnił tę funkcję do roku 2011. Kolejnym Rektorem był ks. mgr Paweł Waruszewski (2011 - 2012), następnie ks. mgr Andrzej Pieńdyk (25.08.2012 - 31.08.2018) oraz ks. dr Tomasz Brzeziński (od 1.09.2018 - 30.06.2023). Aktualnie Rektorem Sanktuarium jest ks. dr Jarosław Kwiatkowski (od 1.07.2023).

Treść dekretu

Od wielu już lat w kaplicy Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia przy ul. Stary Rynek w Płocku, w miejscu objawienia się Jezusa Miłosiernego Siostrze Faustynie Kowalskiej, bardzo dynamicznie rozwija się kult Miłosierdzia Bożego. Oprócz mieszkańców miasta Płocka, także z terenu całej Diecezji Płockiej, z różnych stron Polski a także z zagranicy przybywają coraz liczniejsze rzesze pielgrzymów, aby w tym miejscu, gdzie przechowywane i czczone są relikwie Świętej Siostry Faustyny i obraz Jezusa Miłosiernego, który pielgrzymował po wszystkich parafiach Diecezji Płockiej, domach zakonnych i Seminariach Duchownych, ożywiać swoją wiarę, prosić o dar miłosierdzia Bożego, modlić się za grzeszników i wypraszać łaski dla siebie i całego świata.

W związku z powyższym, mając na uwadze stosowne przepisy prawa kanonicznego, niniejszym, na większą chwałę Boga w Jego niczym nieogarnionej Tajemnicy Miłosierdzia, w dniu kanonizacji Siostry Faustyny, ustanawiam kaplicę Bożego Miłosierdzia w Płocku przy ul. Stary Rynek 14 Sanktuarium Diecezjalnym.

Sanktuarium spełniać będzie swoje cele zawarte w Statucie przeze mnie zatwierdzonym.

Dziś sanktuarium mieści się w prowizorycznej niewielkiej kaplicy. Została więc podjęta decyzja o budowie nowej świątyni oraz zaplecza duszpasterskiego i socjalnego dla pielgrzymów i apostołów Bożego Miłosierdzia. Kamień węgielny (z Kalwarii w Jerozolimie) pod rozbudowę poświęcił bp Piotr Libera w Święto Miłosierdzia 19 kwietnia 2009 roku. 15 maja 2015 roku – po ukończeniu wszelkich potrzebnych prac przygotowawczych, siostry rozpoczęły rozbudowę Sanktuarium Bożego Miłosierdzia w miejscu pierwszego objawienia Jezusa Miłosiernego. Architektem nowego obiektu jest pan Jacek Jaśkowiec.